相傳在神州大地上有著神話時代便流傳下來的十樣上古神器[鐘、劍、斧、壺、塔、琴、鼎、印、鏡、石],他們各自擁有不同的絕世力量，但關于它們的下落都已湮滅于神州漫長之歷史中，儼然成迷。公元七世紀，北朝隋帝國消滅了南朝陳國，結束了中原南北朝長期分裂的局面。陳國遺民悲痛祖國滅亡，在江南集結大軍，意圖一舉復國。隋朝出兵平亂，為首一位年僅十二歲之少年，以十神器之一的軒轅劍，在一擊之間便將陳國的反抗大軍消滅殆盡。

十六年后，隨著一顆劃過天際、象征亂世之兆的神秘妖星“赤貫”的出現。尚未弱冠的陳靖仇踏上了他尋找上古神器、對抗隋朝的孤獨旅程。我們的故事就從這里開始了，時間是《軒轅劍3》的一百三十三年前。。。

一日，陳國后裔陳靖仇及其師父一同來到伏魔山上為尋找上古神器之一的昆侖鏡，在山洞找到古鏡之后，靖仇向師父問起父親之事，于是師父向靖仇緩緩道來。原來十六年前，靖仇的師父和父親在江南召集陳國的舊臣，意圖復興陳國。當時的隋文帝便派遣了曾經滅陳國的楊素前來迎戰，而令人驚訝的是楊素卻只帶了區區的二十騎前來，那一仗由于一個擁有“陰陽妖瞳”的楊拓，而使得陳國大軍一敗涂地。也正是靖仇的師父為何要苦練鬼谷道術的原因了。師父還告訴靖仇，現在楊素已死，可楊拓還活著，并讓靖仇好好的修習鬼谷之術，將來復興陳國的重擔就靠靖仇了。說完便讓靖仇去拿昆侖古鏡，靖仇剛想拿，忽然出現一頭魔獸，可憐師父為救靖仇吐出冰絲將自己和魔獸封在洞中。一個時辰后，靖仇醒來后，師父便交待讓他去雷夏澤找自己的師兄公山先生前來救自己。回到伏魔山腳下，靖仇決心一定要找到公山先生前來救師父，并喚出師父給的符鬼。前途茫茫，靖仇一人就這樣上路了。

往東北走來到月河村。從張老伯口中得知雷夏澤應該往北走，誰知守橋的人告訴靖仇這幾天在舉行“河神祭”而不讓通過，無奈之下，靖仇只能先找家客棧落腳再說。（東面的那幢房子就是客棧）在客棧的門口還有個乞丐。好心的靖仇幫他從井里打了15碗水，乞丐也給了靖仇一點金瘡藥。在客棧問過賀老板后，靖仇覺得只能在這里住兩天了，在上樓時還遇見了天生白發的賀小雪。睡過一晚后，早上起來就聽見房客說村里的人在討論抽簽的事，于是靖仇出客棧到了村里。來到大夫的家中一打聽，原來月河村每年會選一個女子來獻給河神，而這次真好抽中了大夫的女兒，于是靖仇暗暗打算搭救這個女子。回到客棧中，從賀老板口中得知那個白發的賀小雪自愿以自己一命來救大夫的女兒，靖仇聽到后非常氣憤，打算到祭神那天去阻止。又睡了一晚后，一大早靖仇就出門了，在村南面找到了賀小雪的弟弟小朔，小朔告訴他小雪被關在月河河洞中，于是靖仇向河洞出發了。往南穿過樹林通過洞中的迷宮后，在洞的盡頭看見村人將小雪推下了河神洞中，靖仇阻止不及，也一同跳了下去。這時一條閃光打來，靖仇仔細一看，原來河神是條蛟精。費盡九牛二虎之力將它打跑之后，和小雪的對話中得知她也有可憐的身世。接著就是找出洞的路了，一直往左走就出洞了。回到月河村時卻看到村民都已經死了，原來那個蛟精并沒有死，逃出來后在村里進行報復，小朔和賀老伯都已被他害死了。靖仇怒不可竭，沖上去經過一番搏斗，終于將蛟精消滅了。但是憤怒的村民卻竭力將靖仇賀小雪趕出了村外，看到小雪孤苦無依，靖仇就決定帶小雪一起去找師伯，將來讓她也有一個安身之處。于是兩人向西北方的雷夏澤走去。

來到雷夏澤后，發現師伯已經傷病在床多時，一時也無能力解救師父。為讓師伯的病好起來，靖仇聽從了師伯夫人的意見，打算找到神農鼎。但師伯夫人說神鼎可能在法術高強的宇文太師手中，只能先到北方的鮮卑拓撥部落看看。 往北方先到黑山鎮，卻聽得路人說北面有人的抓人辦什么會。靖仇他們也走累了，于走到酒樓里想吃點什么，剛坐下，就聽得門外有人在大聲的嚷嚷。走出去一看，原來是一伙軍人為宮中的郡主強搶男童，說什么要將男童血喝后從此養顏不老。路見不平，靖仇剛想出手，卻見一個胡人女孩先一步感到。打跑一些小兵后，那個軍官忽然變成了邪尸骷髏，打暈了胡人女孩。這時靖仇出手相救，一番打斗之后，終于將骷髏打死。靖仇接著去扶那個女孩，但那女孩卻不領情，幸好她的姐夫即時趕來。一陣感謝后，女孩的姐夫在酒店設下酒席款待靖仇。原來此人名叫張烈，是拓撥族人拓撥月兒的丈夫，他還告訴靖仇神農鼎可能已經被朝廷得到。正在吃飯之際，忽然張烈的族人匆匆走來，告訴張烈又發現有隋朝的妖魔軍隊跟蹤他們，靖仇自告奮勇要求幫助張烈他們，于是三人向東面的樹林走去。走到樹林的深處，便看見一群小孩被綁在那里。經過兩次激烈的戰斗后，靖仇他們終于救出了孩子。

之后，靖仇跟隨張烈來到他們族人的集聚地大雁嶺，順便也探聽一下神農鼎下落的蛛絲馬跡。但卻沒有什么收獲，此時張烈也派出探子幫助打聽神農鼎的下落。六天之后，張烈已經打聽到神鼎的下落，原來確實在宇文太師手中，并且他把神鼎藏在北方涿郡的一個碉堡里。由于他偷藏神鼎被皇帝知道了，于是只能將神鼎運往東都，而此行的路線已經被張烈的探子所探到。正說道這里，拓撥月兒突然跑了進來，說玉兒不辭而別去找神鼎了，張烈又氣又急，與靖仇一起往運鼎路線趕去。

在盧家渡，靖仇發現所有的船都被韓公公包走運美女了，再和張烈、小雪商量過后，大家都認為玉兒會在船上，于是幾人想辦法混上船。此時韓公公正好帶著征來的美女上船，靖仇靈機一動，打算讓自己扮女人讓張烈扮軍官，正大光明的混上船去。先向小雪問問應該怎么扮女人，小雪告訴他首先要找到胭脂、衣裳和簪子。在左邊岸上找到胭脂，在右邊的房間里，只要給那個小女孩一雙靴子就能得到簪子（皮靴可向左面的賣雜貨的人買），在上面左邊的房間里，給那個婆婆手鐲和鐵戒指就能得到衣裳了。好了，東西齊了，靖仇來到客棧和張烈會合。瞞過守船的士兵，到達第二倉內，卻沒有玉兒的蹤影。三人打算再到船底層看看。到達底層后，不料被韓公公發現了，既然發現了，靖仇他們就打算劫船，直接開走。一路往甲板走去，打敗守衛后，善良的靖仇又回去把那些女子放了。誰知回到甲板上后，韓公公已帶著官兵來了，一場戰斗后，從韓公公口中得知神鼎已運往龍舟了。

幾天航行后，靖仇他們來到了大梁。從城南的徐老頭那里得知神鼎已經被皇上運到龍舟上去了。經過商議后，他們打算先想辦法溜到龍舟上再說。于是一行人先來到了碼頭。可是碼頭上有官兵守衛，怎么過去呢？靖仇仔細想過后，打算利用官兵轉身的瞬間溜過去。騙過守衛后，三人來到龍舟隊伍中，可是有好多龍舟啊，靖仇只能慢慢的找。在龍舟上可也是不能被官兵看到的喔。好不容易騙過了守衛，在一間屋子里找到了神農鼎，誰知仔細一看原來是假的。這時正好走來一個太監，經過一番拷問，原來真的神鼎已經被一個手拿宣花大斧，身騎黃驃馬的響馬搶走了。而太監生怕皇帝責怪，假造了一個鼎。善良的靖仇將太監放了后，他卻在門外大喊大叫引來了官兵。靖仇只能另找出路，從房間地下通過后，一路往上走。走到與前一條船相同的地方，地下會有一個迷宮，出口大致在西北方。再從梁柱爬上去，經過七繞八繞的最后到了一塊田字形的梁柱邊，在右邊最中間那根，靖仇發現了一個奇怪的地方，原來這里可以看見龍舟大廳。過了一會兒，又看見月兒裝扮的宮女前來刺殺無道昏君楊廣。正要成功時，宇文太師趕來阻止了拓撥玉兒，幸好靖仇及時用鬼谷之術施放煙霧而得以逃脫，在眾多的追兵下，靖仇幾人只能跳水而逃。在另一邊，楊廣讓宇文太師去捉拿靖仇他們，并要他保護好要求同去的寧珂郡主。

在河邊的破草屋中，昏迷的靖仇和玉兒相繼醒來。靖仇打算繼續尋找神鼎，而張烈要回拓撥部落主持大局。而玉兒硬要留下來和靖仇一起去尋找神鼎的下落（好象對靖仇有意思哦！）。

三人向北來到豆子坑，村里左邊的村民告訴靖仇確實是魔王巖的混世魔王把神鼎搶到山上去了。在上山前，靖仇他們來到酒店打算先填飽肚子再說。正吃著的時候，外面傳來一陣呵斥聲。出門一看，原來是一群士兵把運貨商人當作土匪，正要抓他們。路見不平，玉兒怎么會答應。一出手便將那個軍官打敗，而隨靖仇一起出來的兩個巨漢也將另外的士兵擺平了。彼此寒暄一陣后，原來這兩人竟是程咬金和秦叔寶（隋唐演義啊？！我倒！），說完兩人就走了。三人怕隋朝大軍馬上會來，所以向魔王巖趕去。來到魔王巖后，這里有嘍羅守著，為了不打草驚蛇，靖仇來到水塘邊打算潛水進去，可是玉兒不會游泳，還是小雪聰明，想出了用竹管子的方法，三人正要回村子找竹管子，忽然看見村里的農夫在往寨中送糧，于是決定下山去扮作送糧的混進寨中。回到村中后，正好遇見一群小孩，而且他們手上正好有竹管，但小孩提出玩捉貓貓的游戲，只要靖仇贏了，就把竹管給他。（這還不容易？大多數的小孩都躲在山巖底下）在找他們的時候還找到了寶物靈界指標和蟾涿香袋。再和最左邊的村人說話，原來香袋是他掉的，他還答應送靖仇偷偷進魔王巖。

這下進魔王巖有兩種辦法了。雖然方法不同，但進去之后靖仇都會遇見一個很大的迷宮，里面可以得到青鋼劍和暗殺寶錄。在迷宮的盡頭，靖仇他們遇見了程咬金。原來程咬金就是魔王巖的大王，于是玉兒向程咬金索要神鼎，傻頭傻腦的程咬金卻不給，快要打起來的時候，嘍羅忽然來報官兵來搶神鼎了，傻老程還以為這是靖仇他們的聲東擊西之計呢。來搶神鼎的就是宇文太師，無奈他法力高強，靖仇只能眼睜睜的看著神鼎被拿走。誤會的程咬金竟然還與靖仇他們打了一架，幸好秦叔寶看破這是宇文太師的詭計。靖仇答應程咬金在十五天之內一定找到神鼎回來還一個清白。往下就出了寨子，回到村中。出村向東走到了東萊，已經過了六天了，可是一點消息也沒有。再出東萊走到樹林那里（泰山上面一點）遇見了受傷的齊二郎，送他回東萊后，從他的娘子打聽到有一群士兵駐扎在了泰山，還在泰山上設立了奇怪的祭壇。于是靖仇他們馬上趕往泰山。打敗山腳下的士兵，三人沖到山頂，但山頂上空無一人。正好這時聽到有說話聲，三人就偷偷躲了起來。原來是宇文太師手下的楊碩和韓騰，他們竟然殺死了東萊城六萬條人命去煉血丹。打敗他后，他說出了事情的經過后便咬舌自盡了。靖仇在他的身上找到了一張地圖和一封信。從信里得知，宇文太師好象確實沒有得到神鼎，無奈之下，靖仇他們只能按照信上所說的再到大梁走一趟。

首先來到渡口，卻發現一條船停在那里，十分可疑。靖仇看看時間無多了，也不管了，徑直向船上殺去。往里走遇見一個隋軍隊長，原來他是一條鯉魚精，打敗他后（它會有三個化身，只有真身會受傷，打的時候要注意一點），忽然寧珂郡主走了出來，告訴靖仇她實在不滿皇帝生靈涂炭，還說神鼎就在船上最底層，讓靖仇他們跟她下去拿。走到樓梯口，玉兒覺得這是一個陷阱，最后決定讓靖仇一個人先下去看看再說。靖仇下去后，寧珂見他一人前來，硬是又上去將小雪和玉兒拉了下來。在第二個房間里果然找到了神鼎，靖仇在用煉妖壺收鼎的時候，正好給寧珂看見。回到碼頭上以后，寧珂另外找了只船走了，臨走的時候還送給小雪一根鈴鐺發簪。在還神鼎以前，靖仇想先把為師伯治病的藥煉好，可是一看藥方靖仇的頭又大了，上面寫著各種怪藥，也不知道是什么。和玉兒商量以后，打算先到大梁的藥鋪先看看。

大梁的藥店果然有這些藥，只是獨缺一種鵁肉的藥，需要到西北的山洞打這種鳥。在西北的山洞打好鳥后回到船上，煉好治師伯的藥后，靖仇就趕去魔王巖。見到程咬金才知道他已經歸順張須陀帳下，為拿神鼎三人與程咬金、秦叔寶再次戰斗（當然是友誼賽啦，不過照樣會死喔）。打敗他們后（真難打）三人帶著神鼎準備下山。靖仇打算先回雷夏澤為師伯治病，可玉兒硬要報答上次的救命之恩，要跟靖仇一起去，靖仇答應后，三人向雷夏澤趕去。

回到雷夏澤后，卻只看見垂釣老人，打聽之下知道師伯已經病故，想了一下后，靖仇決定回到大梁去找師伯母。乘船來到大梁后，在街上遇見師伯母的孫女，在她的帶領下來到師伯母家中。從師伯的遺書上得知要對付魔獸還有一人，就是傳說中的東海仙人。但是現有的船并不能出海，經師伯母介紹知道大梁城中有一趙姓工匠會造海船。去到隔壁的房間讓趙工匠造船。三日后，大船造好，三人向東海進發了。誰知在海上遇見了一條大魚，將船裝翻，三人也被水吹到了一個島上。在島上兜了幾圈后，遇到了氐人族的兩個人，經過一番遭遇戰后，出來一位氐人族女王。原來這里竟是那條大魚的肚子里，那條大魚也是上古神獸，名為巨海。說完后女王邀請三人去皇宮說話。（里面的一間房間里有遁形浮沙，別忘了拿）與女王交談后，靖仇答應幫她一起對付黑龍王。坐著鯨魚向黑龍王處游去。（那個水底迷宮蠻厲害的，記得出口在西北方向）走到龍宮的盡頭就看見黑龍王了。靖仇三人全力向黑龍王殺去。打敗他后，他卻用計讓玉兒拿下了崆峒印，使得氐人族的人都一下子變老了。雖然錯誤已經不能彌補，但玉兒還是和靖仇一起回到氐人族的王宮向女王道歉。玉兒為了表達對大家的歉意，毀了自己的容貌。幾天后，女王為此也非常后悔，表示要送靖仇他們去仙人島以緩和一下自己內疚的心情。