相傳在神州大地上有著神話時代便流傳下來的十樣上古神器[鐘、劍、斧、壺、塔、琴、鼎、印、鏡、石],他們各自擁有不同的絕世力量，但關于它們的下落都已湮滅于神州漫長之歷史中，儼然成迷。公元七世紀，北朝隋帝國消滅了南朝陳國，結束了中原南北朝長期分裂的局面。陳國遺民悲痛祖國滅亡，在江南集結大軍，意圖一舉復國。隋朝出兵平亂，為首一位年僅十二歲之少年，以十神器之一的軒轅劍，在一擊之間便將陳國的反抗大軍消滅殆盡。 

十六年后，隨著一顆劃過天際、象征亂世之兆的神秘妖星“赤貫”的出現。尚未弱冠的陳靖仇踏上了他尋找上古神器、對抗隋朝的孤獨旅程。我們的故事就從這里開始了，時間是《軒轅劍3》的一百三十三年前。。。 

一日，陳國后裔陳靖仇及其師父一同來到伏魔山上為尋找上古神器之一的昆侖鏡，在山洞找到古鏡之后，靖仇向師父問起父親之事，于是師父向靖仇緩緩道來。原來十六年前，靖仇的師父和父親在江南召集陳國的舊臣，意圖復興陳國。當時的隋文帝便派遣了曾經滅陳國的楊素前來迎戰，而令人驚訝的是楊素卻只帶了區區的二十騎前來，那一仗由于一個擁有“陰陽妖瞳”的楊拓，而使得陳國大軍一敗涂地。也正是靖仇的師父為何要苦練鬼谷道術的原因了。師父還告訴靖仇，現在楊素已死，可楊拓還活著，并讓靖仇好好的修習鬼谷之術，將來復興陳國的重擔就靠靖仇了。說完便讓靖仇去拿昆侖古鏡，靖仇剛想拿，忽然出現一頭魔獸，可憐師父為救靖仇吐出冰絲將自己和魔獸封在洞中。一個時辰后，靖仇醒來后，師父便交待讓他去雷夏澤找自己的師兄公山先生前來救自己。回到伏魔山腳下，靖仇決心一定要找到公山先生前來救師父，并喚出師父給的符鬼。前途茫茫，靖仇一人就這樣上路了。 

往東北走來到月河村。從張老伯口中得知雷夏澤應該往北走，誰知守橋的人告訴靖仇這幾天在舉行“河神祭”而不讓通過，無奈之下，靖仇只能先找家客棧落腳再說。（東面的那幢房子就是客棧）在客棧的門口還有個乞丐。好心的靖仇幫他從井里打了15碗水，乞丐也給了靖仇一點金瘡藥。在客棧問過賀老板后，靖仇覺得只能在這里住兩天了，在上樓時還遇見了天生白發的賀小雪。睡過一晚后，早上起來就聽見房客說村里的人在討論抽簽的事，于是靖仇出客棧到了村里。來到大夫的家中一打聽，原來月河村每年會選一個女子來獻給河神，而這次真好抽中了大夫的女兒，于是靖仇暗暗打算搭救這個女子。回到客棧中，從賀老板口中得知那個白發的賀小雪自愿以自己一命來救大夫的女兒，靖仇聽到后非常氣憤，打算到祭神那天去阻止。又睡了一晚后，一大早靖仇就出門了，在村南面找到了賀小雪的弟弟小朔，小朔告訴他小雪被關在月河河洞中，于是靖仇向河洞出發了。往南穿過樹林通過洞中的迷宮后，在洞的盡頭看見村人將小雪推下了河神洞中，靖仇阻止不及，也一同跳了下去。這時一條閃光打來，靖仇仔細一看，原來河神是條蛟精。費盡九牛二虎之力將它打跑之后，和小雪的對話中得知她也有可憐的身世。接著就是找出洞的路了，一直往左走就出洞了。回到月河村時卻看到村民都已經死了，原來那個蛟精并沒有死，逃出來后在村里進行報復，小朔和賀老伯都已被他害死了。靖仇怒不可竭，沖上去經過一番搏斗，終于將蛟精消滅了。但是憤怒的村民卻竭力將靖仇賀小雪趕出了村外，看到小雪孤苦無依，靖仇就決定帶小雪一起去找師伯，將來讓她也有一個安身之處。于是兩人向西北方的雷夏澤走去。 

來到雷夏澤后，發現師伯已經傷病在床多時，一時也無能力解救師父。為讓師伯的病好起來，靖仇聽從了師伯夫人的意見，打算找到神農鼎。但師伯夫人說神鼎可能在法術高強的宇文太師手中，只能先到北方的鮮卑拓撥部落看看。 

往北方先到黑山鎮，卻聽得路人說北面有人的抓人辦什么會。靖仇他們也走累了，于走到酒樓里想吃點什么，剛坐下，就聽得門外有人在大聲的嚷嚷。走出去一看，原來是一伙軍人為宮中的郡主強搶男童，說什么要將男童血喝后從此養顏不老。路見不平，靖仇剛想出手，卻見一個胡人女孩先一步感到。打跑一些小兵后，那個軍官忽然變成了邪尸骷髏，打暈了胡人女孩。這時靖仇出手相救，一番打斗之后，終于將骷髏打死。靖仇接著去扶那個女孩，但那女孩卻不領情，幸好她的姐夫即時趕來。一陣感謝后，女孩的姐夫在酒店設下酒席款待靖仇。原來此人名叫張烈，是拓撥族人拓撥月兒的丈夫，他還告訴靖仇神農鼎可能已經被朝廷得到。正在吃飯之際，忽然張烈的族人匆匆走來，告訴張烈又發現有隋朝的妖魔軍隊跟蹤他們，靖仇自告奮勇要求幫助張烈他們，于是三人向東面的樹林走去。走到樹林的深處，便看見一群小孩被綁在那里。經過兩次激烈的戰斗后，靖仇他們終于救出了孩子。 

之后，靖仇跟隨張烈來到他們族人的集聚地大雁嶺，順便也探聽一下神農鼎下落的蛛絲馬跡。但卻沒有什么收獲，此時張烈也派出探子幫助打聽神農鼎的下落。六天之后，張烈已經打聽到神鼎的下落，原來確實在宇文太師手中，并且他把神鼎藏在北方涿郡的一個碉堡里。由于他偷藏神鼎被皇帝知道了，于是只能將神鼎運往東都，而此行的路線已經被張烈的探子所探到。正說道這里，拓撥月兒突然跑了進來，說玉兒不辭而別去找神鼎了，張烈又氣又急，與靖仇一起往運鼎路線趕去。 

在盧家渡，靖仇發現所有的船都被韓公公包走運美女了，再和張烈、小雪商量過后，大家都認為玉兒會在船上，于是幾人想辦法混上船。此時韓公公正好帶著征來的美女上船，靖仇靈機一動，打算讓自己扮女人讓張烈扮軍官，正大光明的混上船去。先向小雪問問應該怎么扮女人，小雪告訴他首先要找到胭脂、衣裳和簪子。在左邊岸上找到胭脂，在右邊的房間里，只要給那個小女孩一雙靴子就能得到簪子（皮靴可向左面的賣雜貨的人買），在上面左邊的房間里，給那個婆婆手鐲和鐵戒指就能得到衣裳了。好了，東西齊了，靖仇來到客棧和張烈會合。瞞過守船的士兵，到達第二倉內，卻沒有玉兒的蹤影。三人打算再到船底層看看。到達底層后，不料被韓公公發現了，既然發現了，靖仇他們就打算劫船，直接開走。一路往甲板走去，打敗守衛后，善良的靖仇又回去把那些女子放了。誰知回到甲板上后，韓公公已帶著官兵來了，一場戰斗后，從韓公公口中得知神鼎已運往龍舟了。 

幾天航行后，靖仇他們來到了大梁。從城南的徐老頭那里得知神鼎已經被皇上運到龍舟上去了。經過商議后，他們打算先想辦法溜到龍舟上再說。于是一行人先來到了碼頭。可是碼頭上有官兵守衛，怎么過去呢？靖仇仔細想過后，打算利用官兵轉身的瞬間溜過去。騙過守衛后，三人來到龍舟隊伍中，可是有好多龍舟啊，靖仇只能慢慢的找。在龍舟上可也是不能被官兵看到的喔。好不容易騙過了守衛，在一間屋子里找到了神農鼎，誰知仔細一看原來是假的。這時正好走來一個太監，經過一番拷問，原來真的神鼎已經被一個手拿宣花大斧，身騎黃驃馬的響馬搶走了。而太監生怕皇帝責怪，假造了一個鼎。善良的靖仇將太監放了后，他卻在門外大喊大叫引來了官兵。靖仇只能另找出路，從房間地下通過后，一路往上走。走到與前一條船相同的地方，地下會有一個迷宮，出口大致在西北方。再從梁柱爬上去，經過七繞八繞的最后到了一塊田字形的梁柱邊，在右邊最中間那根，靖仇發現了一個奇怪的地方，原來這里可以看見龍舟大廳。過了一會兒，又看見月兒裝扮的宮女前來刺殺無道昏君楊廣。正要成功時，宇文太師趕來阻止了拓撥玉兒，幸好靖仇及時用鬼谷之術施放煙霧而得以逃脫，在眾多的追兵下，靖仇幾人只能跳水而逃。在另一邊，楊廣讓宇文太師去捉拿靖仇他們，并要他保護好要求同去的寧珂郡主。